Also, wenn du einen Server auf einem root den du selbst verwaltest einen Server installierst kann sowas eigentlich nicht passieren. Ich schätze du hast einen Server mit Webinterface, wenn die dort irgendwelche updates/ änderungen vornehmen, hab ich schon gehört das bei manchen Daten überschrieben/ verändert wurden. Am besten korregier deine server.cfg wieder und lad dir ein backup auf deinen Rechner, wenn dann sowas nochmal passiert schreib ein Support Ticket zu deinem Hoster.