Gibt es im Serververzeichnis die steam_appid.txt? Starte den Server ein zweites mal neu. Beim ersten Start wird sie erstellt (falls Valve es nicht kaputtgefixt hat wie bei CS:GO) und beim zweiten Start des Servers sollte alles funktionieren. Da du run.bat schreibst, gehe ich von einem Windows-Server aus.
Zusätzlich kann es noch sein, dass du den normalen Steam-Client im Hintergrund laufen hast. Früher gab es damit Probleme, dass Steam-Client und Standalone-Server nicht paralel laufen konnten. Ich hab das schon irgendwo anders geschrieben, aber vergessen wo das war.
Sollte das auch nicht zutreffen, wären ein paar genauere Informationen hilfreich. Wir kennen zwar schon viele Ursachen, haben aber nicht immer Lust zu raten.