Ein Server lässt sich anhand verschiedener Dateien konfigurieren. Bestimmte Dateitypen kommen bei jeden Source-Server vor. Diese können mit einem Editor unter Linux oder Windows bearbeitet werden.

In der autoexec.cfg können Befehle oder Konsolen-Variablen geladen bzw. geändert werden, bevor die erste Map geladen wird. Die autoexec.cfg wird nur zum Start einmal automatisch geladen bevor die Befehle und Konsolen-Variablen per Startparameter übergeben werden.

In der server.cfg können Befehle oder Konsolen-Variablen geladen bzw. geändert werden, nachdem eine Map geladen wurde. Dieser Vorgang wiederholt sich nach jedem Mapchange.