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Das klingt mir weniger nach einem Firewall Problem, was du hattest. Wenn die PHP Anwendungen unsicher sind, dann nützen dir die IPtables herzlich wenig. Für die sind "schlechte" Anfragen ganz normale Anfragen auf dem Port 80 und werden durchgelassen.

Ein paar Grundregeln:
- So wenig, wie möglich installieren
- suexec unf fastcgi nutzen, wenn man mehrere verschiedene Seiten hat (shared Hosting)
- je chost eine php.ini und dann alles verbieten was man nicht brauch (fopen, suexec usw. usw.)
- open_basedir setzen
- So wenigs Addons/Plugins usw. zu den verwendeten PHP Anwendungen benutzen.
- Keine Kits/CMS einsetzen, die eine negative Sicherheitsbilanz haben (PHPNUKE und Konsorten).
- Nachdem ich mich etwas mit dem Code von Webspell befasst habe, und auch ein zweimal mit den Entwicklern gechattet habe, würde ich definitiv davon abraten.
- TS3 Webinterfaces sind zur Zeit eine sicherheitstechnische Katastrophe
- Wenn man was fertiges verwendet alles rauslöschen und deaktivieren, was man nicht unbedingt braucht.
- Sicherheitsnews verfolgen und immer alles up to date halten.
- Wenn man den Apache einsetzt, kann man noch eine Software Firewall nutzen (mod security). Das ist kein Allheilsmittel, kann aber einigen Schmutz rausfiltern. Mod Security kann aber niemals die obrigend Sachen ersetzen.